Desde el año 2000, se ha mudado dos veces, pero en ninguno de los casos ha podido tener salas de exposición.
Hoy está a la espera por un proyecto catalán que lo alojaría en el viejo edificio de la compañía del gas en la rambla sur montevideana, con una presentación muy innovadora. Mientras tanto, la solución que ha encontrado el Museo de Historia Natural ha sido realizar acuerdos con otros museos para poder exhibir parte de su colección como lo fue la última vez con el Museo de Artes Visuales.
Mirá el informe de Marcelo Fernández.